Эггман разбивает Главный Изумруд и выпускает из него Хаос — духа разрушений. Эггман подчиняет Хаос себе и вместе с ним начинает охоту на изумруды Хаоса и Соника. С каждым проглоченным изумрудом Хаос становился сильней. Когда Хаос получил все 7 камней, он стал непобедимым и решил избавиться от Эггмана, чтобы использовать силу изумрудов для своих целей. После победы над Хаосом возникает новая интрига вокруг проекта «Шэдоу». Проектом заинтересованы все — правительство, Соник с друзьми и даже сам Эггман, который взламывает государственную сеть компьютеров и оттуда получает файл с информацией по проекту «Шэдоу». Чуть позже Эггман отправляется на Тюремный остров и освобождает Шэдоу.